Gdy odległa planeta Krypton chyliła się ku upadkowi, Jor-El i Lara postanawiają wysłać swojego jedynego syna na planetę Ziemia, by uchronić swoje dziecko przed pewną śmiercią. Młody Kal-El ląduje w Kansas, gdzie zostaje znaleziony przez bezdzietne małżeństwo Jonathan'a i Martha'y Kent. Chłopak dorasta, stając się dzięki swoim zdolnością największym bohaterem Ziemi.
1 - The Last Son of Krypton: Part I Pierwsza emisja: 6 wrzesień 1996 Scenariusz: Alan Burnett i Paul Dini Reżyseria: Dan Riba
Na planecie Krypton naukowiec Jor-El odkrywa, iż jego świat wkrótce ulegnie zagładzie. Aby uratować swój gatunek wsadza własnego syna do statku kosmicznego i wysyła go w kosmos, by mógł on żyć na innej planecie.
2 - The Last Son of Krypton: Part II Pierwsza emisja: 6 wrzesień 1996 Scenariusz: Alan Burnett i Paul Dini Reżyseria: Scott Jeralds i Curt Geda
Statek kosmiczny z młodym Kal-Elem przybywa na Ziemię, gdzie zostaje wychowany przez parę farmerów jako Clark Kent. Po kilkunastu latach bohater odkrywa u siebie super zdolności i wykorzystuje je w walce z przestępczością. Rozpoczyna również pracę jako reporter w redakcji 'Daily Planet' w Metropolis, gdzie zaczyna działać jako Superman.
3 - The Last Son of Krypton: Part III Pierwsza emisja: 6 wrzesień 1996 Scenariusz: Alan Burnett i Paul Dini Reżyseria: Bruce Timm i Dan Riba
Superman krzyżuje plany Lexa Luthora, uniemożliwiając mu sprzedaż kombinezonu bojowego kazniańskim terrorystom.
4 - Fun and Games Pierwsza emisja: 7 wrzesień 1996 Scenariusz: Robert N. Skir i Marty Isenberg Reżyseria: Kazuhide Tomonaga
Zgorzkniały i pałający chęcią zemsty Toyman korzystając z małej armii robotów-zabawek uprowadza miejscowego szefa mafii Bruno Mannheima i przypadkowo wplątaną w to Lois Lane.
5 - A Little Piece of Home Pierwsza emisja: 14 wrzesień 1996 Scenariusz: Hilary J. Bader Reżyseria: Toshihiko Masuda
Lex Luthor odkrywa, iż kawałek skały - Kryptonit jest w stanie uśmiercić Supermana.
6 - Feeding Time Pierwsza emisja: 21 wrzesień 1996 Scenariusz: Robert Goodman Reżyseria: Dan Riba
Eksplozja materiałów chemicznych powoduje przemianę pechowego sprzątacza Rudy'ego Jonesa w super przestępcę Parasite'a żywiącego się się energią istot żywych.
7 - The Way of All Flesh Pierwsza emisja: 28 wrzesień 1996 Scenariusz: Stan Berkowitz Reżyseria: Kenji Hachizaki
Człowiek ze Stali zmuszony jest chronić Lexa Luthora, kiedy przemieniony w cyborga terrorysta John Corben znany też jako Metallo postanawia wyeliminować swojego 'twórcę'.
Brainiac, kiedyś główny komputer planety Krypton przybywa na Ziemię. Kiedy jednak Kal-El dowiaduje się o roli, jaką Brainiac odegrał w zniszczeniu Kryptona, postanawia pozbyć się szalonej maszyny.
9 - The Main Man: Part I Pierwsza emisja: 9 listopad 1996 Scenariusz: Paul Dini Reżyseria: Dan Riba
Międzygalaktyczny łowca głów Lobo otrzymuje polecenie schwytania Supermana. Obaj jednak padają ofiarą kolekcjonera rzadkich okazów i zostają umieszczeni w jego prywatnym zoo.
10 - The Main Man: Part II Pierwsza emisja: 16 listopad 1996 Scenariusz: Paul Dini Reżyseria: Dan Riba
Człowiek ze Stali i Lobo stawiają czoło porywaczowi i grupie łowców nagród.
11 - My Girl Pierwsza emisja: 23 listopad 1996 Scenariusz: Hilary J. Bader Reżyseria: Yuichiro Yano
Lana Lang, była ukochana Clarka, przyjeżdża do Metropolis o naraża swoje życie, aby szpiegować Lexa Luthora dla Supermana.
12 - Tools of the Trade Pierwsza emisja: 1 luty 1997 Scenariusz: Mark Evenier Reżyseria: Curt Geda
Bruno Mannheim i jego Intergang próbują zniszczyć Supermana wykorzystując broń dostarczoną przez Kanto, agenta mrocznego Darkseida.
13 - Two's a Crowd Pierwsza emisja: 15 luty 1997 Scenariusz: Stan Berkowitz Reżyseria: Hiroyuki Aoyama
Policja wykorzystuje Parasite'a, by ten dzięki swoim zdolnościom wydobył z umysłu naukowca Earla Gayera informację na temat lokalizacji włączonej bomby zegarowej. Jednakże naukowiec przejmuje całkowitą kontrolę nad super przestępcą i za jego pomocą ucieka.
Sezon Drugi
1 - Blasts From the Past: Part I Pierwsza emisja: 8 wrzesień 1997 Scenariusz: Robert Goodman Reżyseria: Dan Riba
Po odkryciu na swoim statku kosmicznym projektora Phantom Zone, Superman uwalnia z innego wymiaru kryptonijską terrorystkę Malę.
2 - Blasts From the Past: Part II Pierwsza emisja: 9 wrzesień 1997 Scenariusz: Robert Goodman Reżyseria: Dan Riba
Mala uwalnia z Phantom Zone swojego szefa, Jax-Ula i dzięki nowo nabytym super mocom rozpoczynają walkę z Supermanem, by móc podbić Ziemię.
3 - The Prometheon Pierwsza emisja: 12 wrzesień 1997 Scenariusz: Stan Berkowitz i Alan Burnett Reżyseria: Nobuo Tomizawa
Na gigantycznym asteroidzie przybywa na Ziemię kamienny olbrzym i zaczyna siać zniszczenie.
Superman i inny superbohater, Flash biorą udział w charytatywnym wyścigu dookoła świata. Wykorzystuje to superprzestępca, Weather Wizard.
5 - Livewire Pierwsza emisja: 13 wrzesień 1997 Scenariusz: Evan Dorkin i Sarah Dyer Reżyseria: Curt Geda
Radiowa prezenterka Leslie Willis w wyniku wypadku zostaje przemieniona we władająca elektrycznym prądem istotę, która staje do walki z Supermanem obwiniając go o to co się jej przydarzyło.
6 - Identity Crisis Pierwsza emisja: 15 wrzesień 1997 Scenariusz: Robert Goodman i Joe R. Lansdale Reżyseria: Curt Geda
Pracujący dla Lexa Luthora naukowcy tworzą Bizarro - nieudanego klona Supermana.
Lois Lane przeżywa serię zamachów na jej życie zorganizowanych przez nieznanego sprawcę.
8 - Mxyzpixilated Pierwsza emisja: 20 wrzesień 1997 Scenariusz: Paul Dini Reżyseria: Dan Riba
Mr. Mxyzptlk, przybysz z innego wymiaru, co 90 dni używa swoich mocy, aby uprzykrzyć życie Supermanowi. Jednak Człowiek ze Stali za każdym razem z łatwością pozbywa się natręta.
Livewire i Parasite uciekają wspólnie z więzienia, by dopaść Supermana.
11 - Solar Power Pierwsza emisja: 26 wrzesień 1997 Scenariusz: Robert Goodman Reżyseria: Kazuhide Tomonaga
Edward Lytener znany też jako Luminus ucieka z więzienia i dzięki swoim wynalazkom odbiera Supermanowi wszystkie jego moce.
12 - Brave New Metropolis Pierwsza emisja: 27 wrzesień 1997 Scenariusz: Stan Berkowitz i Alan Burnett Reżyseria: Curt Geda
Lois Lane trafia do alternatywnej rzeczywistości, gdzie Superman i Lex Luthor współpracują w rządzeniu Metropolis.
13 - Monkey Fun Pierwsza emisja: 27 wrzesień 1997 Scenariusz: Evan Dorkin i Sarah Dyer Reżyseria: Curt Geda
Titano, ulubiona małpka Lois Lane po wielu latach wraca na Ziemię z próbnego lotu statkiem kosmicznego. Jak się okazuje w zwierzęciu zaszły pewne zmiany i zaczyna ono rosnąć do nieprawdopodobnych rozmiarów.
14 - Ghost in the Machine Pierwsza emisja: 29 wrzesień 1997 Scenariusz: Rich Fogel Reżyseria: Hiroyuki Aoyama
Brainiac wykorzystuje Lexa Luthora, by ten za pomocą komputerów LexCorpu odtworzył jego mechaniczne ciało.
15 - Father's Day Pierwsza emisja: 3 październik 1997 Scenariusz: Mark Evanier i Steve Gerber Reżyseria: Dan Riba
Kalibak, syn Darkseida - władcy planety Apokolips przybywa na Ziemię by zabić Supermana.
16 - World's Finest: Part I Pierwsza emisja: 4 październik 1997 Scenariusz: Alan Burnett, Paul Dini i Rich Fogel Reżyseria: Toshihiko Masuda
Joker przybywa do Metropolis, by zaproponować Luthorowi zabójstwo Supermana, w zamian za co ten ma się pozbyć Człowieka-Nietoperza. W ślad za szaleńcem podąża Batman, który jako Bruce Wayne zakochuje się w Lois Lane i staje się na krótko wrogiem Człowieka ze Stali.
17 - World's Finest: Part II Pierwsza emisja: 4 październik 1997 Scenariusz: Alan Burnett, Paul Dini i Steve Gerber Reżyseria: Toshihiko Masuda
Jokerowi nie udaje się zabić Supermana i Batmana, a Lois Lane poznaje prawdziwą tożsamość Bruce'a
18 - World's Finest: Part III Pierwsza emisja: 4 październik 1997 Scenariusz: Alan Burnett, Paul Dini i Stan Berkowitz Reżyseria: Toshihiko Masuda
Joker po kłótni z Lexem Luthorem, usiłuje zabić miliardera, w czym próbują mu przeszkodzić Batman i Superman.
19 - The Hand of Fate Pierwsza emisja: 6 październik 1997 Scenariusz: Hilary Bader i Stan Berkowitz Reżyseria: Dan Riba
Superman razem ze specjalistą od okultyzmu dr. Fate walczą z szalejącym w Metropolis demonem.
20 - Bizarro's World Pierwsza emisja: 10 październik 1997 Scenariusz: Robert Goodman Reżyseria: Hiroyuki Aoyama
Bizarro dowiaduje się o zagładzie Kryptona i uznając, iż to on jest Supermanem rozpoczyna "odbudowę" zniszczonej planety w Metropolis.
Zostaje wynaleziona nowa zbroja, która zaczyna służyć policji w walce z przestępczością. Jednakże noszący ją człowiek staje się niezrównoważony psychicznie i tylko Superman jest w stanie go powstrzymać.
22 - The Late Mr. Kent Pierwsza emisja: 1 listopad 1997 Scenariusz: Stan Berkowitz Reżyseria: Kenji Hachizaki
Superman próbuje oczyścić z zarzutów więźnia oskarżonego o morderstwo. Niestety jako Clark Kent przeżywa on wypadek, który zabiłby normalnego człowieka i w związku z tym nie może dalej prowadzić podwójnego życia.
23 - Heavy Metal Pierwsza emisja: 8 listopad 1997 Scenariusz: Hilary Bader Reżyseria: Curt Geda
Inżynier John Henry Irons tworzy super zbroję i rozpoczyna w Metropolis działalność jako nowy superbohater o pseudonimie Steel.
Maxima, przywódczyni kosmicznego imperium uznaje, iż idealnym kandydatem na męża jest dla niej Superman.
25 - Apokolips...Now!: Part I Pierwsza emisja: 7 luty 1998 Scenariusz: Rich Fogel u Bruce W. Timm Reżyseria: Dan Riba
Darkseid wykorzystuje Bruno Mannheima, aby dokonać zniszczeń na Ziemi. Jednocześnie Superman nawiązuje współpracę z przybyszem z innej planety - Orionem.
26 - Apokolips...Now!: Part II Pierwsza emisja: 18 luty 1998 Scenariusz: Rich Fogel u Bruce W. Timm Reżyseria: Dan Riba
W wyniku działań Bruno Mannheima Ziemia może przekształcić się w kopię planety Apokolips. Jedynie Superman jest w stanie temu zapobiec.
27 - Little Girl Lost: Part I Pierwsza emisja: 2 maj 1998 Scenariusz: Alan Burnett, Paul Dini, Evan Dorkin i Sarah Dyer Reżyseria: Curt Geda
Superman podróżując po kosmosie odnajduje zahibernowaną Kryptoniankę. która po przybyciu na Ziemię zaczyna działać jako nowa super bohaterka - Supergirl.
28 - Little Girl Lost: Part I Pierwsza emisja: 2 maj 1998 Scenariusz: Evan Dorkin, Sarah Dyer i Rich Fogel Reżyseria: Kevin Altieri
Supergirl udaje się na Apokolips by odbić porwanego przez Darkseida Supermana.
Sezon Trzeci
1 - Where There's Smoke Pierwsza emisja: 19 wrzesień 1998 Scenariusz: Hilary J. Bader Reżyseria: Dan Riba
2 - Knight Time Pierwsza emisja: 10 październik 1998 Scenariusz: Robert Goodman Reżyseria: Curt Geda
3 - New Kids in Town Pierwsza emisja: 31 październik 1998 Scenariusz: Stan Berkowitz i Rich Fogel Reżyseria: Butch Lukic
4 - Obsession Pierwsza emisja: 15 listopad 1998 Scenariusz: Andrew Donkin i Ron Fogelman Reżyseria: Dan Riba
5 - Little Big Head Man Pierwsza emisja: 21 listopad 1998 Scenariusz: Paul Dini i Robert Goodman Reżyseria: Shin-Ichi Tsuji
6 - Absolute Power Pierwsza emisja: 16 styczeń 1999 Scenariusz: Hilary J. Bader i Alan Burnett Reżyseria: Butch Lukic
7 - In Brightest Day... Pierwsza emisja: 6 luty 1999 Scenariusz: Hilary J. Bader Reżyseria: Butch Lukic
8 - Superman's Pal Pierwsza emisja: 20 luty 1999 Scenariusz: Robert Goodman Reżyseria: Kazumi Fukushima
9 - A Fish Story Pierwsza emisja: 8 maj 1999 Scenariusz: Hilary J. Bader i Rich Fogel Reżyseria: Shin-Ichi Tsuji
10 - Unity Pierwsza emisja: 15 maj 1999 Scenariusz: Paul Dini i Rich Fogel Reżyseria: Shin-Ichi Tsuji
Sezon Czwarty
1 - The Demon Reborn Pierwsza emisja: 18 wrzesień 1999 Scenariusz: Rich Fogel Reżyseria: Dan Riba
2 - Legacy: Part I Pierwsza emisja: 5 luty 2000 Scenariusz: Rich Fogel Reżyseria: Curt Geda
3 - Legacy: Part II Pierwsza emisja: 15 luty 2000 Scenariusz: Paul Dini i Rich Fogel Reżyseria: Dan Riba
Crossover
BATMAN: THE ANIMATED SERIES - Girls' Night Out Pierwsza emisja: 17 październik 1998 Scenariusz: Hilary J. Bader Reżyseria: Curt Geda
STATIC SHOCK - Toys in the Hood Pierwsza emisja: 3 maj 2003 Scenariusz: Rich Fogel Reżyseria: Curt Geda